La Corte determinó que el derecho de los pueblos indígenas al autogobierno debe ser una realidad respaldada por reglas claras. El Estado tiene la obligación de adaptar sus leyes a la diversidad cultural del país, saldando así la deuda histórica en el reconocimiento de su autonomía.

De acuerdo con la Constitución, estas comunidades son instituciones con autoridad propia y tienen derecho legal a decidir sobre cuatro ejes fundamentales: su gobierno, la elección de sus representantes, la protección de su territorio y su modelo de desarrollo.

Respecto a la petición de la comunidad, se concluyó que el Congreso no ha cumplido con su deber de crear las leyes necesarias para que las comunidades puedan registrar a sus autoridades, administrar sus recursos y resolver sus conflictos de forma legal y segura.

Por lo anterior, la Corte dejó sin efecto la sentencia anterior para proteger a la comunidad tsotsil, y el Congreso de Chiapas tendrá un plazo máximo de 180 días naturales, a partir de que se publique la Ley General, para crear las reglas que permitan reconocer oficialmente a los gobiernos indígenas como instituciones con derechos y responsabilidades.

Finalmente, para no seguir afectando a la comunidad mientras pasan esos 180 días, se ordenó al Congreso del Estado tomar medidas inmediatas, como la entrega inmediata de los recursos económicos que le corresponden al gobierno comunitario.