Se estudió la libertad de conciencia, que se relaciona con las convicciones íntimas de las personas, el cual debe ejercerse en un sistema democrático y laico, lo cual implica el respeto a la libertad de creencias y en el caso en concreto, el derecho a la protección de la salud, el respeto a la igualdad y no discriminación.

El servicio público debe desempeñarse con neutralidad religiosa y al mismo tiempo permitir que las personas expresen sus creencias, garantizando la separación entre el Estado y las iglesias. En el análisis se reconoció que bajo el argumento de objeción de conciencia se ha negado el acceso a servicios de salud y a la asistencia médica a mujeres, a personas con capacidad de gestar y a personas de la diversidad sexual y de género.

Se indicó, por ello, que corresponde al Estado que la reglamentación de la objeción de conciencia cumpla con los límites ya establecidos por este Alto Tribunal como: i) Su ejercicio es individual; ii) No se puede justificar para defender ideas contrarias a la Constitución; iii) Debe de existir siempre personal médico disponible para la atención en aquellos casos en que se manifieste alguna objeción; iv) Deben existir mecanismos para garantizar la prestación de los servicios; y v) Si en un centro de salud todo el personal es objetor, debe haber un mecanismo para garantizar a las personas los servicios de salud en condiciones adecuadas.

Sobre los precedentes de la Suprema Corte, se destacó que en Acciones de Inconstitucionalidad anteriores, se había decretado la invalidez del artículo de esa ley. Por ello se declaró la invalidez inmediata y se dispuso un plazo de noventa días para legislar nuevamente con lo resuelto en el asunto. Asimismo, como ese artículo remitía a otro que contenía conceptos de justificación de la objeción (por ejemplo, deontología médica y ética profesional), se declaró inválido también por extensión.